המחלקה לרפואת המשפחה מקיימת מסלול לימודי בוגרים יחודי הכולל קורס לתעודה ברפואת המשפחה ובמקביל עבודה במרפאות בשילוב הנחיה והדרכה אישית במחלקות בית חולים העמק, על פי תוכנית ההתמחות של המועצה המדעית. מסלול לימודי התעודה וההתמחות כולל 4 שנים.
סבבים בהתמחות: תוכנית ההתמחות כוללת תקופות של עבודה במרפאה ראשונית בקהילה ושל סבבים במחלקות בבתי החולים. מחוז הצפון יחודי בגודלו הגיאוגפי ובכמות הגדולה של המרפאות הקטנות המרוחקות והכפריות השונות המצויות בו. אופי המרפאות והאוכלוסיה מכתיב גם חלק מהתכנים בהתמחות. מתמחה ברפואת משפחה במחוז הצפון משיג במהלך התמחותו לא רק ידע, אלא גם יכולות קליניות וכלים להתמודדות עם מצבים רפואיים שונים באופן עצמאי. הגישה המקצועית והשמירה על רמה רפואית מעולה מהווה קו מנחה גם בטיפול באוכלוסיות מעוטות יכולות ובמי שגרים באיזורים מרוחקים.
לימודי התעודה: מתקיימים מידי יום רביעי במהלך השנה האקדמית, בחסות אקדמית של הפקולטה לרפואה בגליל, אוניברסיטת בר אילן. הקורס מכוון להעמקת ידע בנושאים שונים, מציג ומלמד גישות שונות. במסגרת הקורס מתקיימים קורסים שונים שמטרתם השגת כלים ללימוד והתעדכנות, לימוד והתקדמות בשיטות ובעריכת מחקרים רפואיים וקליניים וכן היכרות עם ההיבט הקהילתי, המשפחתי והפסיכוסוציאלי. הקורס כולל גם הרצאות של מומחים ברפואת המשפחה בתחומי רפואה שונים ומגוונים ובנוסף סדנאות שונות וימי עיון בנושאיים כלליים.
רמת ההוראה והעדפותיו האישיות והמקצועיות של המתמחה מהווים את המרכיבים העיקריים בקביעת מסלול ההתמחות. מדריכי המתמחים השונים הם הטובים שברופאי המחוז ומושם דגש גם על איכות מרפאות ההוראה.